Este problema si que era molesta en Ubuntu 10.04. Los paneles se veian mal al querer aplicarles transparecia. La solucion tenia que llegar en algun momento y otra vez vino de la mano de un script de los chicos de webupd8.
Al usar su script lograremos el siguiente cambio:
Una mucho mejor apariencia de los paneles de ubuntu. Veamos como usarlo: primero lo bajamos escribiendo en una consola lo siguiente:
wget http://webupd8.googlecode.com/files/theme_bg_patcher2.py && chmod +x theme_bg_patcher2.py
y luego simplemente lo ejecutamos asi:
sudo python -u theme_bg_patcher2.py