La primer linea de defensa en una pc con linux es poner contraseña a tu usuario. Pero es super facil de superar simplemente ingresando como root o iniciando desde un livecd. Por cierto, aprende a usar [contraseñas seguras y faciles de recordar](https://paraisolinux.com/crear-contrasenas-seguras- recordar/).
Para ocultar una carpeta en Linux puedes simplemente agregar un punto al inicio del nombre de la carpeta y con esto se ocultara, pero es tan facil como desocultar las carpetas, cosa que se puede hacer desde el mismo navegador de archivos.
Lo mas comodo que he encontrado hasta ahora para proteger un directorio con contraseña es Cryptkeeper.
Es una aplicacion que aparecera en la zona de tray y basicamente maneja un sistema de archivos llamado EncFS (de encrypted file system). Es super facil de manejar, una vez ejecutada, cuando ya aparezca el icono en el tray, denle click y veran 2 opciones:
Hagan click en ‘New encypted folder’ y podran elegir donde estara y como se llamara la carpeta que desean proteger. Ej: la guardare en la particion ‘multimedia’ y la llamare ‘documentos importantes’
Les pedira que ingresen 2 veces una contraseña para la carpeta.
Luego podran activar o desactivar esa carpeta desde el icono en el tray. Si tiene tilde esta activada, sino esta desactivada.
Tambien les recomiendo que para que sea mas comodo para ustedes pueden añadir esta utilidad a las lista de aplicaciones que se ejecutan al iniciar sesion. Asi siempre tendran el icono a mano.
Pagina oficial: http://tom.noflag.org.uk/cryptkeeper.html