Hace mucho tiempo les mostre varios clientes graficos para MySQL en Linux, hoy gracias a Ubuntulife me entero de otro. Se trata de jHeidi, es un proyecto que intenta crear un cliente multiplataforma basado en Java y es bastante estable a pesar de ser Alpha.
Como podran apreciar en la imagen es bastante completo.
La instalacion es bastante sencilla y obviamente necesitas tener instalado JRE (Java Runtime Enviroment). Solo debes descargar el paquete para linux desde aqui y una vez descargado ejecutar usando
./jheidi
y eso ejecutara directamente el programa.

